نجف آباد در روزگار شاه عباس صفوي در ۳۰ كيلومتري غرب اصفهان ساخته شد. در دوره صفوي شهر نجف آباد با طرح شيخ بهايي و به پيشنهاد او به عنوان يك شهر نوين ساخته گرديد. در باره انگيزه ساخت شهر نجف آباد سخنان گوناگون وجود دارد .
معروف ترين سخن آن است كه : نذورات و درآمد موقوفات منطقه به وسيله كارواني از اصفهان به سوي نجف مي‌رفت كه پس از پيمودن ۲۵ كيلومتر از حركت باز ايستاد . شيخ بهايي چاره را در اين ديد كه با اجازه شاه عباس بارهاي شتران را هزينه ساخت شهري كنند به نام نجف آباد . بدين گونه نجف آباد پديد آمد .
سخن ديگر آن است كه : شاه عباس صفوي مقداري پول و جواهرات براي مرقد حضرت علي اختصاص داد و خواست به نجف بفرستد. با تدبير شيخ بهايي از خروج اين ذخاير از ايران جلوگيري شد و به كمك آن شهر جديد نجف آباد ساخته شد .
همين داستان با اندكي تفاوت : در حدود سال ۱۰۲۲ هجري قمري، شاه عباس اول صفوي، مقدار زيادي پول و جواهرات براي آرامگاه حضرت علي (ع) در نجف اشرف اختصاص داد و خواست به شهر نجف در عراق بفرستد. در اين هنگام شيخ بهايي آگاه شد و ديد كه خروج پول و جواهر برخلاف مصالح كشور است پس براي جلوگيري از آن، نزد شاه عباس رفت و گفت ديشب در خواب حضرت علي (ع) را زيارت كردم، به من امر فرمودند كه نجف به جواهر شما نيازي ندارد ، پول و جواهر را صرف ساختمان شهري به نام نجف آباد، در نزديك اصفهان كنيد. شاه عباس اين گفته شيخ بهايي را پذيرفته دستور ساختن اين شهر را مي دهد و شهري در دشت پهناوري در 29 كيلومتري غرب اصفهان ساخته شد و نجف آباد خوانده شد.